Poufność danych użytkownika jest chroniona i zapewniana przy użyciu najnowszej wersji szyfrowania TLS. Witryny rozliczeniowe online są zabezpieczone przy użyciu protokołu Secure Socket Layer (SSL) ze 128-bitowym szyfrowaniem danych. Szyfrowanie SSL to proces szyfrowania danych w celu zapobiegania nieautoryzowanemu dostępowi podczas transmisji danych. Zapewnia to bezpieczny transfer danych i zapobiega nieautoryzowanemu dostępowi do danych podczas komunikacji między komputerem użytkownika a usługą WebPay i odwrotnie.

Usługa WebPay i instytucje finansowe (firmy obsługujące karty kredytowe) wymieniają dane za pomocą wirtualnej sieci prywatnej (VPN), która jest chroniona przed nieautoryzowanym dostępem. Numery kart kredytowych nie są przechowywane i nie są dostępne dla osób nieupoważnionych.